Valentino Rossi nunca teve ilusões em relação às dificuldades que iria enfrentar na defesa do título de Campeão do Mundo e, mais uma vez, teve que lutar pela vitória no Alice Motorrad Grande Prêmio da Alemanha. O piloto da Fiat Yamaha conseguiu chegar ao lugar mais alto do pódio em Sachsenring com a mais curta vantagem de seu adversário Jorge Lorenzo, numa corrida de cortar a respiração.

Depois de largar pela primeira vez da pole na pista alemã, Rossi tomou a dianteira da corrida ao longo de treze voltas. Rossi e Lorenzo se distanciaram dos outros pilotos e lutaram pela vitória até a linha de chegada. Rossi pegou definitivamente a liderança a duas voltas do final, resistindo às investidas do jovem espanhol, que tentava chegar à sua quarta vitória da temporada de 2009.

Dani Pedrosa, que largou da oitava posição do grid, voltou a mostrar a sua perícia na pista seca, conseguindo a melhor volta da manhã no warmup. Pedrosa ficou no grupo dos mais rápidos, mas não conseguiu intrometer-se na luta da dupla da Yamaha. O piloto da Repsol Honda acabou completando o pódio com o terceiro posto, a quase três segundos dos seus adversários.

Casey Stoner, que chegou a liderar a corrida nas primeiras voltas, também esteve na luta pelos primeiros lugares, mas foi ultrapassado por Pedrosa já perto do final da corrida.

Alex de Angelis e Toni Elias conseguiram um bom resultado para a equipe da San Carlo Honda Gresini, arrecadando o quinto e sexto lugares, respectivamente. Elias esteve particularmente bem, depois de ter largado do último lugar do grid.

Os únicos a desistirem da corrida foram Randy de Puniet, devido a uma queda logo na primeira volta, e Andrea Dovizioso, com problemas nos pneus.

Marco Simoncelli manteve acesa a chama da corrida ao título das 250cc ao vencer o Alice Motorrad Grande Prêmio da Alemanha, a segunda vitória do ano na defesa do título.

Como em 2008, o piloto da Metis Gilera isolou-se do pelotão logo no início. Desta vez, contudo, teve Álex Debón a acompanhá-lo. Simoncelli não conseguiu deixar o veterano espanhol para trás apesar das várias tentativas, se bem que teve espaço suficiente para evitar tentativas de ser ultrapassado.

Debón manteve a segunda posição, o primeiro pódio da temporada de 2009, enquanto atrás dele se desenvolvia uma forte luta pelo último lugar do pódio. Álvaro Bautista levou o grupo de perseguidores até perto do compatriota espanhol na última volta, mas não conseguiu concretizar a manobra sobre Debón, isto apesar de ter assinado novo recorde do circuito. Contudo, conseguiu passar o rival e atual líder da classificação Hiroshi Aoyama, encurtando desta forma a diferença para dez pontos.

Héctor Barberá, que largou da primeira fila do grid, foi o único piloto a ficar perto dos quatro primeiros, mas até mesmo ele ficou para trás no ultimo ataque de Bautista e Aoyama. Também envolvido na luta, Mattia Pasini acabou caindo com a sua Team Toth Aprilia.

A corrida teve de ser recomeçada após uma primeira volta marcada pela chuva que caiu em Sachsenring, mas durante a parada entre as duas largadas a pista secou de forma significativa, o que levou os pilotos a voltarem aos pneus slicks.

Pos.| Piloto | País | Equipe | Marca | Tempo
1 Marco SIMONCELLI ITA Metis Gilera GILERA 27'11.034
2 Alex DEBON SPA Aeropuerto-Castello-Blusens APRILIA 27'11.513
3 Alvaro BAUTISTA SPA Mapfre Aspar Team APRILIA 27'11.562
4 Hiroshi AOYAMA JPN Scot Racing Team 250cc HONDA 27'11.900
5 Hector BARBERA SPA Pepe World Team APRILIA 27'12.294
6 Hector FAUBEL SPA Honda SAG HONDA 27'17.006
7 Aleix ESPARGARO SPA Balatonring Team APRILIA 27'19.755
8 Thomas LUTHI SWI Emmi - Caffe Latte APRILIA 27'19.796
9 Raffaele DE ROSA ITA Scot Racing Team 250cc HONDA 27'30.210
10 Roberto LOCATELLI ITA Metis Gilera GILERA 27'38.984
11 Alex BALDOLINI ITA WTR San Marino Team APRILIA 27'40.635
12 Lukas PESEK CZE Auto Kelly - CP APRILIA 27'49.333
13 Shoya TOMIZAWA JPN CIP Moto - GP250 HONDA 28'02.974
14 Jules CLUZEL FRA Matteoni Racing APRILIA 28'03.953
15 Bastien CHESAUX SWI Racing Team Germany HONDA 28'17.820
16 Axel PONS SPA Pepe World Team APRILIA 28'31.607
17 Toby MARKHAM GBR C&L Racing APRILIA 27'17.661
18 Imre TOTH HUN Team Toth Aprilia APRILIA 27'20.889
19 Joakim STENSMO SWE Nordgren Racing HONDA 28'09.860
20 Valentin DEBISE FRA CIP Moto - GP250 HONDA 28'03.839
Não Terminaram:
Mattia PASINI ITA Team Toth Aprilia APRILIA 22'57.030
Mike DI MEGLIO FRA Mapfre Aspar Team 250cc APRILIA 23'58.754
Karel ABRAHAM CZE Cardion AB Motoracing APRILIA 12'46.672
Ratthapark WILAIROT THA Thai Honda PTT SAG HONDA
Vladimir LEONOV RUS Viessmann Kiefer Racing APRILIA